旅游公司差额扣除是否必须取得凭证原件？
根据财税201636号文附件2第一条第三款第8点和第11点规定，纳税人提供旅游服务，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用后的余额为销售额。其中，扣除的费用应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证，例如支付给境内单位或者个人的款项，需要以发票为合法有效凭证。
根据国家税务总局公告2016年第69号第九条规定，纳税人提供旅游服务，将火车票、飞机票等交通费发票原件交给购买方而无法收回的，以交通费发票复印件作为差额扣除凭证。
综上所述，纳税人提供旅游服务，选择差额缴纳增值税时需要取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证，如果交通发票原件交给购买方而无法收回的，允许以交通费发票复印件作为差额扣除凭证。
因此，贵司如果确实无法取回机票行程单原件，那么建议贵司获得该部分行程单的复印件作为差额扣除凭证，从而按照差额计税方式缴纳增值税。
————
相关规定：
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税201636号）附件2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
一、营改增试点期间，试点纳税人指按照《营业税改征增值税试点实施办法》(以下称《试点实施办法》)缴纳增值税的纳税人有关政策
(三)销售额。
8.试点纳税人提供旅游服务，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用后的余额为销售额。
选择上述办法计算销售额的试点纳税人，向旅游服务购买方收取并支付的上述费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
11.试点纳税人按照上述4－10款的规定从全部价款和价外费用中扣除的价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证。否则，不得扣除。
上述凭证是指：
（1）支付给境内单位或者个人的款项，以发票为合法有效凭证。
（2）支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑议的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明。
（3）缴纳的税款，以完税凭证为合法有效凭证。
（4）扣除的政府性基金、行政事业性收费或者向政府支付的土地价款，以省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据为合法有效凭证。
（5）国家税务总局规定的其他凭证。纳税人取得的上述凭证属于增值税扣税凭证的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第69号）
九、纳税人提供旅游服务，将火车票、飞机票等交通费发票原件交付给旅游服务购买方而无法收回的，以交通费发票复印件作为差额扣除凭证。
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根据国家税务总局公告2016年第69号第九条规定，纳税人提供旅游服务，将火车票、飞机票等交通费发票原件交给购买方而无法收回的，以交通费发票复印件作为差额扣除凭证。
综上所述，纳税人提供旅游服务，选择差额缴纳增值税时需要取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证，如果交通发票原件交给购买方而无法收回的，允许以交通费发票复印件作为差额扣除凭证。
因此，贵司如果确实无法取回机票行程单原件，那么建议贵司获得该部分行程单的复印件作为差额扣除凭证，从而按照差额计税方式缴纳增值税。
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相关规定：
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税201636号）附件2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
一、营改增试点期间，试点纳税人指按照《营业税改征增值税试点实施办法》(以下称《试点实施办法》)缴纳增值税的纳税人有关政策
(三)销售额。
8.试点纳税人提供旅游服务，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用后的余额为销售额。
选择上述办法计算销售额的试点纳税人，向旅游服务购买方收取并支付的上述费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
11.试点纳税人按照上述4－10款的规定从全部价款和价外费用中扣除的价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证。否则，不得扣除。
上述凭证是指：
（1）支付给境内单位或者个人的款项，以发票为合法有效凭证。
（2）支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑议的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明。
（3）缴纳的税款，以完税凭证为合法有效凭证。
（4）扣除的政府性基金、行政事业性收费或者向政府支付的土地价款，以省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据为合法有效凭证。
（5）国家税务总局规定的其他凭证。纳税人取得的上述凭证属于增值税扣税凭证的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第69号）
九、纳税人提供旅游服务，将火车票、飞机票等交通费发票原件交付给旅游服务购买方而无法收回的，以交通费发票复印件作为差额扣除凭证。
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