收到失联公司的发票该怎么处理

税务局通知，我单位供应商走逃嫌疑，要求公司配合协查供应商与我单位的业务情况，我单位与供应商业务真实，有合同、付款、提货、运输等凭证为据，请问：
（1）若供应商确系走逃，我单位为支付了对价的真实业务，按税收法规，我单位的会有哪些损失？具体法规文号是怎样的？
（2）对于协查，税务局应该发正式通知及协查结论书给我单位吗？
（3）若我单位取得的是普通发票，没有进项抵扣，按税法规定，对我单位的所得税汇算有影响吗？

答：(1)根据《国家税务总局关于走逃（失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告 2016 年第 76 号）对走逃（失联）企业和走逃（失联）企业开具增值税专用发票的处理进行了明确规定。

走逃（失联）企业对应属期开具的符合一定条件的增值税专用发票属于异常凭证。增值税一般纳税人取得异常凭证，尚未申报抵扣或申报出口退税的，暂不允许抵扣或办理退税；已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出；已经办理出口退税的，税务机关可按照异常凭证所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退税，无其他应退税款或应退税款小于涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。经核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，企业可继续申报抵扣，或解除担保并继续办理出口退税。
取得失联企业的发票，可以分为几种情况去分析，总的原则来说，如果与上游企业的交易是属于真实实际发生的业务，不存在虚开虚假交易，经过主管税务机关核实，可以去抵扣，但是如果经过核实，上有企业存在虚开，就不能去抵扣，如果属于善意取得，不会存在处罚，正常转出就可以。
(2）会员企业会收到税务机关的增值税抵扣凭证协查通知，结论也会有相关通知单下发到公司。
(3)企业所得税上，如果企业本身的业务是真实的，如能重新取得实际销售方开具的发票或者实际销售方因破产、走逃等不能再开具发票的证明，在取得合同、银行转账记录的等辅助证明材料的前提下是可以抵扣的。
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相关规定：
《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》（国家税务总局公告2018 年第 28 号）
第十三条 企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。
第十四条 企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭 以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：
第十五条（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；
第十六条（二）相关业务活动的合同或者协议；
第十七条（三）采用非现金方式支付的付款凭证；
第十八条（四）货物运输的证明资料；
第十九条（五）货物入库、出库内部凭证；
第二十条（六）企业会计核算记录以及其他资料。
第二十一条前款第一项至第三项为必备资料

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